조합원입주권은 주택을 취득할 수 있는 권리에 해당함에도 불구하고 특이하게 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.  

주의해야 할 것은 모든 조합원입주권이 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것은 아니고 원조합원의 조합원입주권에 

대해서만 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 

따라서 관리처분계획인가일 이후 원조합원 등으로부터 조합원의 지위를 승계취득한 승계조합원이 조합원입주권을 양도한 

경우에는 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없다. 

원조합원이 조합원입주권을 양도한 경우에도 관리처분계획인가일(도시 및 주거환경정비법) 및 사업시행계획인가일(빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법)

전에 발생한 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용됨에 유의해야 한다. 

                                                     장기보유특별공제

A주택 취득 : 2억원

                                                                 ○            

관리처분계획인가일 : 5억원

                                                                 Ⅹ

조합원입주권 양도 : 7억원

위와 같이 2주택자인 홍길동씨의 A주택이 도시정비법에 의해 재건축이 진행된다고 가정해 보자. 원조합원인 지혜로씨가 조합원입주권을 양도할 경우 

관리처분계획인가일까지 발생한 양도차익 3억원(5억원 - 2억원)에 대해서는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있지만, 

관리처분계획인가일부터 양도일까지 발생한 양도차익 2억원(7억원 - 5억원)에 대해서는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다.