조합원입주권은 주택을 취득할 수 있는 권리에 해당함에도 불구하고 특이하게 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다. 주의해야 할 것은 모든 조합원이 장기보유특별공제를 적용받을 수 있는 것은 아니고 원조합원의 조합원입주권에 대해서만 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.  

따라서, 관리처분계획인가일 이후 원조합원 등으로부터 조합원의 지위를 승계취득한 승계조합원이 조합원입주권을 양도한 경우에는 장기보유특별공제가 적용될 여지가 없다. 원조합원이 조합원입주권을 양도한 경우에도 관리처분계획인가일(도시 및 주거환경정비법) 및 사업시행계획인가일(빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법) 전에 발생한 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용됨에 유의해야 한다.